En el siglo XIV, una familia, los Mariño de Lobeira eran una familia de las más poderosas de la zona. Pero a finales de ese mismo siglo caerán en desgracia. La historia es la siguiente. Rui Soga de Lobeira recibe de manos de su padre Paio Mariño diversas propiedades para la emancipación de su hijo, pero el fallo del rey en favor del cabildo de Orense y en contra de Mariño de Lobeira obliga a estos últimos a entregar algunas de estas propiedades. La negativa a hacerlo junto con el apoyo que dio al arzobispo francés Berenguel de Landoira, al que los compostelanos no dejaron entrar en la ciudad hasta en tres ocasiones, pasó a residir al parecer, algún tiempo en la ciudad de Noia, provocará el encarcelamiento y el posterior ajusticiamiento al ser decapitado a manos de los Churruchaos. Con Rui Soga de Lobeira se construyó la Iglesia de Santa María a Nova, un hospital para enfermos y un lazareto para enfermos de lepra. Tras la negativa a cumplir las órdenes del rey, los Mariño de Lobeira perderán todo su poder y solamente podrán ascender a escuderos, algunos de sus miembros como Xoán Mariño de Lobeira. La fortaleza del Tapal, lugar donde Rui Soga residía fue destruida a mediados del siglo XIV, al igual que muchas otras por los primeros Irmandiños.
En el año 1467 don Rodrigo de Mendoza funda el Hospital de Adentro que luego pasará a ser casa de Gramática de donde saldrán personajes importantes en Noia como Antón Varela (Antón de Noia) que navegará con Magallanes como grumete en la primera vuelta al mundo, o Basilio Vilariño, piloto de la "Torriña" que recorrerá la costa de la Patagonia.
Familia importante en Noya fueron también los Caamaño que en 1522 ayudaron a construir el convento de Agra das Viñas a la comunidad de franciscanos que se habían asentado en la villa dos siglos antes fundando el convento de San Francisco en el lugar de Sueiro.
Los asaltos a Noya continuaron de las manos del duque de Lancaster años después, en 1589 del pirata Francis Drake arribaría a la villa pero decidió volver por donde había venido.
Más adelante serán los franceses durante la Guerra de la Independencia los que intenten saquear Noya aunque un grupo de 500 guerrilleros reunidos en el campo de la feria los expulsaron de ella.
Ya en la época moderna a la villa de Noya, al igual que en casi todos los ayuntamientos de esta hermosa comarca del Barbanza, llegaron los catalanes e instalaron las fábricas de salazón, en especial de sardinas. Esta inyección de dinero hizo que otras profesiones como la del curtido de pieles florecieran y estas hicieran lo propio con gremios como el de los zapateros, que en Noia tienen una gran fama.
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